Ο Μάνος Αχαλινωτόπουλος γεννήθηκε και μεγάλωσε στην Aθήνα. Η κύρια ενασχόληση του ήταν και είναι η Μουσική στην οποία ξεκίνησε την μαθητεία του από πολύ παιδική ηλικία (από 9 ετών ως αυτοδίδακτος ξεκίνησε να μαθαίνει κλαρίνο, φλογέρα, καβάλ κ.α.).
Φοίτησε στο πανεπιστήμιο ασχολούμενος με τα παιδαγωγικά και τις πολιτικές επιστήμες ενώ στην συνέχεια έδωσε εξετάσεις στο τμήμα μουσικών σπουδών του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών από το οποίο αποφοίτησε το 2003. Από το 1990 και μετά αναπτύσσει μια πλούσια καλλιτεχνική δραστηριότητα που τον κατατάσσει σαν έναν από τούς επιφανέστερους Έλληνες μουσικούς. Έχει συνεργαστεί τόσο στη δισκογραφική όσο και σε παραστάσεις, την τηλεόραση και το ραδιόφωνο με: Δ.Σαββόπουλος, Γ.Νταλάρας, Χ.Αλεξίου, Μ,Θεοδωράκης, Ελ.Αρβανιτάκη, Χρόνης Αηδονίδης, Τασία Βέρρα, Α.Πρωτοψάλτη, Αρ.Μόσχος κ.α. όπως επίσης και στο εξωτερικό, με: Goran Brecovic, Ara Dinkjian, Peter Kowalt, Ocay Temiz, Susheela Raman, Νανά Μούσχουρη κ.α. Ο Μάνος Αχαλινωτόπουλος έχει διετελέσει προσωπικές δισκογραφικές παραγωγές όπως: Υάκινθος(1998), το Λαϊκό Κλαρίνο (1996), Live in Amsterdam με την μεγάλη ορχήστρα Nederland's Blazers Ensable (2004) κ.α. Έχει συμμετάσχει σε παραστάσεις σε πάνω από 35 χώρες με κορυφαίες τη συμμετοχή στο μεγάλο Jazz Festival του Montreux δύο φορές 1999 και 2001, το Φεστιβάλ Sphinx του Βελγίου, το Σαββόραμα στο Μέγαρο Μουσικής Αθήνας και Θεσσαλονίκης με τον Διονύση Σαββόπουλο, ενώ ερμήνευσε - ως σολίστ συνεργαζόμενος με την συμφωνική ορχήστρα του Λονδίνου - με το κλαρίνο του, Μίκη Θεοδωράκη στις τελετές έναρξης και λήξης των Ολυμπιακών Αγώνων της Αθήνας. Παράλληλα με τη μουσική του δραστηριότητα ασχολείται με τη διάσωση καταγραφή - καταλογογράφηση της εθνικής μουσικής κληρονομιάς. Επίσης έχει πλούσια παιδαγωγική και διδακτική δραστηριότητα σε όλες τις βαθμίδες εκπαίδευσης καθώς και σε Ωδεία και μουσικούς οργανισμούς (δίδαξε παραδοσιακή μουσική στο ΤΕΙ Λαϊκής & Παραδοσιακής Μουσικής στην 'Aρτα και στην πρωτοβάθμια εκπαίδευση). Επιπροσθέτως έχει στενή συνεργασία τα τελευταία τρία χρόνια με τον Τομέα Τέχνης και Λόγου του Παιδαγωγικού Τμήματος Δημοτικής Εκπαίδευσης του Πανεπιστημίου Αθηνών και τον καθηγητή κ. Αριστοτέλη Ράπτη διοργανώνοντας Πολιτιστικές Εκδηλώσεις με εκπαιδευτικό, και όχι μόνο, χαρακτήρα. Το Μάρτιο του 2006 έδωσε σειρά παραστάσεων-κονσέρτων με την Εθνική Συμφωνική Ορχήστρα της Νέας Ζηλανδίας και τον συνθέτη John Psathas, στο Wellington και σε πόλεις της Αυστραλίας σημειώνοντας εξαιρετική επιτυχία, ενώ από τον Σεπτέμβρη του 2006 παρουσιάζει ένα project σε διάφορες Ευρωπαϊκές πόλεις με τίτλο "Balcan Clarinets" όπου συνεργάζεται με έναν κορυφαίο Τούρκο και ένα αντίστοιχο Σέρβο κλαρινετίστα, αναδεικνύοντας τις κοινές ρίζες και συνιστώσες της Βαλκανικής μουσικής. Από τον Οκτώβρη του 2006 είναι διδάσκων του δημοτικού κλαρίνου στο Τμήμα Μουσικής Επιστήμης και Τέχνης του Πανεπιστημίου Μακεδονίας, ενώ από το 2008 είναι λέκτορας στο ίδιο τμήμα. Το 2010 παρουσιάζεται ο δίσκος του Ζωπυρείν (έκδ. Universal) και το 2011 ο δίσκος του Flight on Light (εκδ. Rattle).